문은국 교수는 많은 수의 큐빗들의 물리현상 등 양자 다체계의 이론적 연구를 하고 있다. 특히나 양자 다체계의 얽힘 현상에 따른 새로운 준입자 현상 등을 집중적으로 연구하고 있으며, 양자 시뮬레이션 및 중성원자 기반의 양자컴퓨팅 연구도 수행을 하고 있다.